廣州醫科大學培訓工作以服務社會為宗旨，承擔了廣東省人力資源和社會保障廳、廣東省紅十字會、廣州市衛生和計劃生育委員會、廣州市教育局、廣州市人力資源和社會保障局等機構批準的各類行業性培訓工作。目前開設有在職人員申請碩士專業學位培訓班，繼續醫學學分教育項目培訓，專業技術人員公修課、專業課。

學校承擔廣東省全科醫學教育培訓中心日常事務，負責廣東省全科醫學培訓工作的規劃和統籌，包括全省培訓基地建設、師資培養、教材建設、試題庫建設、培訓質量監控、統考以及發證等工作。多年來，通過師資培訓為廣東省培養全科師資8528人，廣州市住培師資2450人，通過全科醫學崗位培訓培養全科醫師和社區護士48889人，通過全科醫師轉崗培訓培養全科醫師骨干5432人。2008年，率先在廣東省試行開展5+3全科醫師規范化培訓，培養全科醫生442人，為我國全科醫師制度的建立提供了寶貴的實踐經驗。2003年以來，先后在廣東省建立了全科醫學理論培訓基地28個，臨床培訓基地260個，社區培訓基地380個。

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